书中主要讨论内伤和外感两大病类的病因、病状、脉象、治法等问题。卷上有辨阴证阳证、辨脉、辨寒热、辨外感八风之邪、辨手心手背、辨口鼻、辨气少气盛、辨头痛、辨筋骨四肢、辨外伤不恶食、辨渴与不渴、辨劳役受病颇相似，共十三论；卷中为饮食劳倦、四时用药加减、暑伤胃气等论以及肺之脾胃虚方、肾之脾胃虚方五个方面；卷下为用药所宜所忌附内伤用方，以及酒客病、随时用药等八论。
全书以饮食不节、劳役过度、损伤脾胃立论，提出“脾胃有伤，则中气不足，则六腑阳气皆绝于外”，故营卫失守而诸病生，此皆由中气不足所致。强调外感和内伤治法迥异，须加详辨，以“外伤风寒六淫客邪皆有余之病，当泻不当补；饮食失节，中气不足之病，当补不当泻”。所立补中益气汤、升阳顺气汤、升阳补气汤、清暑益气汤、升阳散火汤、升阳益胃汤等方均反映了东垣重视脾胃的学术思想，对后世有较大影响。