《医学发明》以医论与方论结合的形式，阐发内科杂病的治疗方法。医论包括“膈咽不通并四时换气用药法”“本草十剂”“中风同从高坠下”“四时用药加减法”“诸腹胀大皆属于热”等19篇，主要论述病因病机及用药法则。方论涉及方剂72首，明其功用、主治及服法，并结合具体病证，详述加减。书中多以《内经》《伤寒杂病论》为据，参以个人临证经验加以发挥。如用木香顺气丸治疗浊气在上之䐜胀、中满分消丸治疗热证之腹胀、活血化瘀法治中风等，均有独特创见，并较符合临床实际。其“饮食劳倦论”“百病在气在血”等论，亦能体现作者重视脾胃的学术思想。