在编次上首先列“阴阳发病六经统论”一篇，将仲景原文“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者，发于阴也……”列于六经之首，作为总纲。然后按照太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴排列六经，每经皆按先正治法、后变法的顺序编排，以法类证统方，对各篇原文详予注释，释文遵从《灵》、《素》之旨，选取成无己以来历代注家之精微，本着“合者择之，谬者摘之，疑者释之，混者晰之”的原则，而有所补阐、辨正，每方均有方论、析义、辨误、论治，务使读者能明立法之意，用药之因，从中领悟仲景理法制方之妙，体现了钱氏“以法类证统方”的治伤寒的学术特点。
书末“附录”，列述“三百九十七法、一百一十三方辨论”、“动气臆说”、“铢两升合古今不同辨论”、“权量考”、“大斗大两”、“长沙无朱雀汤说”等六篇短文，体现了钱氏严谨认真的治学态度。