《石室秘录》是中医古籍中唯一一部以治法为主要内容和标目的著作。全书分6卷，依次分为礼、乐、射、御、书、数六集，各集之中以治法为目。其中，礼集中载14种治法，乐集载30种治法，射集中载39种治法，御集中载33种治法，书集中载12种治法和17论，数集中载有7大类疾病（7门）和16种杂病。全书论述总计128法、17论、7门、16杂病，·内容闸述了内、外、妇、儿、五官等100种左右疾病的证治，收古今成方及作者自定方500余首，其中大多处方为白裁，是中医古籍中理论联系实际、理法方药俱备的治法专著。
本书对中医基础理论及临床各科疾病诊断治疗的理法方药做了系统的梳理和总结，对中医基础理论，特别是阴阳互根、五行生克制化、五脏相关、气血相关、命门相火等学说都有精辟的论述。例如：提出“偏治者，乃一偏之治法，譬如人病心痛，不治心而偏治肝；譬如病在上而偏治下；譬如病在右而偏治左；譬如病在四肢手足，而偏治腹心也”，并具体指出了心病治心包之法，上焦火而下治肾之法，对《内经》五脏相关理论颇多发挥。该书重视辨证的灵活性，立方处方，味少而精，量大力宏，颇多独到之处，如“正医法”治肺痈方，金银花用至3009，发挥其清热解毒之力，使肺金得清，则痈脓得除；“通治法”治下痢方白芍、当归各用至909，正合“行血则便脓自愈”的治疗原则。