卷首为中医基础理论。卷二至卷四，为内科杂证，卷五至卷七，系各证诸方。卷末为补遗并外备诸方，以及妇科诸病方治。
本书为初学中医入门之书，浅显易懂。首论脏腑易知、经络易知、四诊易知、运气易知。次论表、里、寒、热、虚、实诸证以及素盛、素衰。再论以上各证诸方。各论深入浅出，析理明白。论证以表、里、寒、热、虚、实、盛、衰为提纲，而以所属诸证分别归入以上八类之中。论脉以浮、沉、迟、数、细、大、短、长为脉之提纲，而以同类诸脉附之。各证辨证准确，论治恰当，每证之后节录《内经》原文“以示穷流必溯其源。”并附有每证之歌诀，便于记忆。陈修园《医学实在易》的特点是由博返约，从浅入深，对疾病分类简明扼要，系统辩证施治，理法方药师古而不泥古，探其源通其变，论证阐发微奥，切指实在之处。另外一个突出特点是以诗概要，易记精效。作者在深究经典理论源泉，采撷众家名言精华，并进行透彻简明的理论分析之后，每要荟精粹要，诗文并茂，将临床常见的60余种疾病括之以诗，易记易诵，脍炙人口。《医学实在易》是一本综合性医书。从理论到临床均有论述。该书理法方药均叙以简要概念 ，议论精当 ，内容丰富 ，切合临床，引导后学知其易学而造诣其难 ，则易者不易 ，而难者不难 ，故名之曰《医学实在易》，本书对普及医学知识，提高医疗技术，示后学以门径，颇有益处。它对后世医家影响很大，被誉为医学门径。