全书将分两辑出版。第一辑所收子书与旧本诸子集成略同，是一般研究者经常要阅读或查考的书。每一种都选择到目前为止较好的注释本。极少数尚无注释本的，另行注释。有的书兼收数种各具优长的注本。为保持体例基本一致，除个别书外，一般只收用文言或浅近文言撰写的注本。各书正文、注文一律加以新式标点，校正版刻或排印错误。
第二辑收集第一辑之外的其它子书。其中大部分没有现成注本，凡有必要进行注释的，应加注释；其余的选择较好的版本进行点校。这一辑中有不少是残缺或散失的书，整理时区别不同情况，有的选取较好的现成辑本，有的要进行补辑或重辑。