《六祖坛经》分三部份，第一部份即是在大梵寺开示“摩诃般若波罗蜜法”。第二部分，回曹溪山后，传授“无相戒”，故法海于书名补上“兼授无相戒”。第三部分，是六祖与弟子之间的问答。
《六祖坛经》是一部以惠能讲经为核心、经惠能弟子以及其他僧俗在200多年间集体完成的著作。
《六祖坛经》是惠能一生说法的记录，六祖文化的思想文化内涵集中体现了在他讲述的《六祖坛经》之中。《六祖坛经》的中心思想强调人们在现实生活中的觉悟解脱，其核心是“直指人心，见性成佛”。
《六祖坛经》常见的版本有两个：一是法海本。全名《南宗顿教最上大乘摩诃般若波罗蜜经六祖惠能大师于韶州大梵寺施法坛经》，一卷，约12000字。二是宗宝本。元世祖至元二十八年前后，僧人宗宝改编。一卷十品，约20000字，题名《六祖大师法宝坛经》。在法海本未发现前，宗宝本为最常见的流通本。
《六祖坛经》对《金刚经》的理解和阐释，显示出中国人对般若“假有性空”思想的基本把握。其中对“应无所住而生其心”的理解，是对般若思想的一次集中阐释。
在一天夜里，弘忍向慧能秘传佛法，当讲到“应无所住而生其心”的时候，慧能言下大悟，他说：“一切万法，不离自性。何期自性，本自清净；何期自性，本不生灭；何期自性，本自具足；何期自性，本无动摇；何期自性，能生万法。”阐述了对“自性”的认识。
自性的第一特征是“本自清净”。这个心如果是真心，那它就应该是“清净”的。即“自性”的本质一定是清净的，超越现实而存在的。
“何期自性，本不生灭”，是说自性没有时间的限制，不是具有生灭变化的“有为法”。“何期自性，本自具足”，是说没有空间的限制。这两个特征强调“自性”在时空两方面都是无限涵盖的，因为它是一切现象产生的依据。“何期自性，本无动摇”，为什么不动摇呢？因为它是“真空”，是超越一切、包容一切的一种普遍存在。“何期自性，能生万法”，正因为“真空”是不动摇、不变易的永恒的具足的存在，才能够外化出无穷无尽的事物，成为“妙有”的万法。
佛教的般若思想“假有性空”，到中国后常常变成了“妙有性空”，虽然也讲不稳定性，却更强调了一个“妙”，看到事物如此丰富，都是从类似“最高存在体”中衍生或外化出来的。这就是慧能对自性的根本的认识。
《六祖坛经》更深入人心的思想方式，是符合中国人的传统，如“心平何劳持戒？行直何用修禅？恩则亲养父母，义则上下相怜。让则尊卑和睦，忍则众恶无喧。听说依此修行，天堂只在目前。”都是将佛法和现实生活密切地结合在一起。
慧能有一个很重要的思想的叫“自皈依”，“自皈依佛，自皈依法，自皈依僧”。慧能按照他的理解对“三皈依”给予了新的解释。“自”就是自己，皈依自己内心的佛，这是慧能的创新思维。
所以，慧能把深奥的佛法与中国的传统道德价值观结合起来，而且破除对神灵的膜拜，主张对自心三宝的皈依，振聋发聩，他的开示被尊为经典。