《吴鞠通医案》，医案著作。四卷（或作五卷）。刊于1916年。收载了作者治疗温病、伤寒、杂病、妇儿科医案。作者尤其擅长于温病，能从医案的辨证治疗中示读者以规矩。书中颇多连续治疗较完整的病案，记录详明，有利于读者领会病理发展过程和治法的终始变迁。现有初刊本、铅印本、石印本、人民卫生出版社排印本。
《吴鞠通医案》凡五卷。卷一、卷二为温病，卷三为杂病，卷四为杂病与幼科，卷五为伤寒与杂病。与通行本相较编次互有出入，又缺妇科门证治，读者当参阅他本，以补不足。吴氏擅治温病，学继叶桂，而颇多阐发，《温病条辨》尽述所论，《吴鞠通医案》之录，尽载其验，两书印证，实有利于理论联系实际。《吴鞠通医案》治案多见纠其偏而弋获者，用药不避温煤。治大病投重剂亦是其一大特点。杂病方面吴氏重视络病，善用旋覆花汤及化症回生丹，又从其意而略变化。《吴鞠通医案》对研究吴氏医学思想以及中医临床论治重急证，颇具启迪和借鉴。《吴鞠通医案》为《中国医学大成》之重刊本，可供中医临床医师及学习、研究中医者参考。