《水浒后传》同原书一样，故事也是从梁山泊开始。弃官家居的阮小七到梁山泊祭奠宋江等亡灵，被原蔡京爪牙张干办捉拿。阮杀死张干办，携母出逃，路遇开酒店的孙新、顾大嫂……小说情节由此展开，逐一一带出散居各地的原梁山好汉，因不堪奸臣恶霸的欺压，纷纷再次造反，啸聚登云山、饮马川等地。隐居太湖捕鱼为生的李俊，则和花逢春、乐和等与湖霸、贪官斗争，因大湖地盘不足发展，终效古虬髯客故事，出海谋取王业。不久金兵南侵，陷汴京，掳徽钦二帝。李应、呼延灼等众英雄遂以报国勤王为己任，加入以李纲、宗泽为首的抗金阵营，抗击金兵，并处死祸国奸臣蔡京、高俅等四凶。后迫于形势，冲破金兵重围，弃寨出海，与李俊会合，立李俊为暹罗国主。