秦琼之父曾任北齐时期的咸阳王录事参军。隋大业年间，秦琼效力于隋将来护儿帐下，因其志向高远和勇猛强悍，深得器重。秦母去世后，来护儿曾派员专程到秦琼家吊唁，全军上下大为惊异。
隋末乱世，义军群起，秦琼投归隋将齐郡郡丞苯张须陀，在下邳(今江睢宁北)与义军首领卢明月交战。当时，双方力量悬殊，张须陀部队仅一万来人，义军则有十多万人，相持十多天后，须陀已是人困粮绝。就是这急于撤退而又怕追赶的紧要关头，秦琼与罗士信挺身而出，愿带领一千人偷袭对方军营，以掩护大队人马安全后撤。秦琼与罗士信凭借自己的智勇，使突袭获得成功。张须陀则乘机回师追击，取得了脱逃后的胜利。仅此一仗，秦琼的勇猛多智便很快扬名于军中。
在之后的作战中，秦琼因为有功而被任命为建节尉。后在对义军李密进击时，张须陀战败而亡。秦琼率残兵败将归依了裴仁基，而后又随同裴仁基投降了义军首领瓦岗军李密。李密得到秦琼非常高兴，加以重用让他作骠骑将军。在跟随李密作战中，有一次李密被流失射中，坠于马下，昏迷不省人事，此时左右随从四散，追兵就要赶到，情况十分危急，多亏秦琼拼死护卫，并重整队伍，这才击退了追兵，从而使李密大难不死。后来李密失败，秦琼又为隋将王世充收得，被任命为龙骧大将军。后因不满王世充的狡诈，遂与程咬金等人脱离王世充投向李渊并在秦王李世民手下干事，因其勇猛过人，被委任为马军总管。此后，秦琼跟随秦王李世民，先后镇压了王世充、窦建德、刘黑闼等多路义军，为唐王朝的创建立下了汗马功劳，李渊曾派使者赐予金瓶以示褒奖。之后，又因战功，多次受到奖赏，先后拜为秦王右统军，加授上柱国。后又进封为翼国公，深得秦王李世民的信任。
秦琼不仅在唐王朝创建伊始立下了赫赫战功，而且在唐王朝内部斗争的“玄武门之变”中，坚决站在秦王李世民一边，一起诛杀了太子建成和齐王元吉，为李世民当太子夺皇位扫清了道路。唐武德九年(626)六月，秦王李世民被立为太子，八月接王位，改号贞观，这就是历史上有名的唐太宗。秦琼也因有功，拜为左武卫大将军，赐给七百户的封邑。后来，秦琼多病缠身，自谓:自幼戎马转战，身经大战二百余次，光流的血也足足有几十斗之多，元气大伤，怎能不病?到贞观十二年(638)终于因病去世。死后赠徐州都督，改封胡国公，并陪葬昭陵。“太宗特令所司就其茔内立石人石马，以旌战阵之功焉。”(《旧唐书》本传)他的画像也上了表彰大功臣的凌烟阁。秦琼的传奇人生后被演义进了戏剧以及说唱文学之中，并且被人们誉为“山东好汉”。济南一地也附会出了不少关于秦琼的遗迹，像秦琼卖马槐、秦琼府、秦琼墓等等。至今在济南王龙潭仍留有“唐左武卫大将军胡国公秦叔宝故宅”的石碑。
二十四功臣中，以秦叔宝最为广大群众所熟悉，过年贴年画，说门神是神荼、郁垒没几个人知道，但都晓得一个是秦叔宝，一个是尉迟敬德。秦叔宝，名琼，齐州历城人。隋炀帝大业年间，为隋大将荣国公来护儿帐下卫士。秦叔宝母亲病死，来护儿派人送钱送物吊孝。军士们议论纷纷：“士卒死亡以及兵将家里死人的很多，来将军从未吊问过，为什么单单这样礼待秦琼呢？”来护儿闻此议论，对左右说：“叔宝勇悍，又有志节，必当自取富贵，岂得以卑贱处之！”这位来公也是慧眼识英雄，见人下菜碟。
来护儿是江都人，和秦叔宝出身差不多，少年时常常发陈涉之叹：“大丈夫当取功名，安能久事陇亩！”后追随隋将杨素数次击贼有功，又从蒲山公李宽（李密之父）在现在的黄山一带破贼，进位柱国。炀帝即位，数被宠遇，几次征高丽均参与其中，并以平灭杨玄感被封为荣国公。最后一次击高丽，来护儿劝炀帝不要因高丽王假装称臣就撤兵，当时城破指日可待，炀帝不听，功败垂成。
宇文化及江都弑帝，来护儿作为贵臣也为乱兵所杀。其长子来楷也以勇武出名，讨击群盗，所向皆捷，贼人为之作歌曰：“长白山头百战场，十十五五把长枪。不畏官军十万众，只畏荣公第六郎。”后与父一起遇害，诚为父子英雄。）隋朝末年，秦叔宝在大将张须陀手下。这张须陀也是一个英雄，有一次以万人对有众十多万的大盗卢明月，相持十余天，极尽且退，他对诸将士说：“我们撤退，贼兵一定追击我们，到时其营空虚，如以千人袭其大营，必定大胜。只是这个任务太危险，谁愿意去呢？”众将默然，惟独秦叔宝、罗士信自告奋勇。
（罗士信十四岁从军，勇猛异常，《隋唐演义》中也是主人公之一。www.yanyuzhai.cn上，罗士信投唐，也是李世民亲密战友之一，最后在与刘黑闼争战中被俘，坚不投降，被杀，年仅二十八）两人依计行事，趁卢明月追击隋军时袭其大营，焚烧三十多营栅。卢明月奔还，张须陀带兵还击，大破十万之众，卢明月只和百十号人逃走。由此，秦叔宝威名大震。不久，他跟随张须陀击李密，哪知天外有天，张须陀军败身死。秦叔宝去武牢投奔隋官裴仁基（裴仁俨之父），不料不久裴仁基归降李密，秦叔宝就顺理成章成了李密大将。
李密英明贤达，厚待叔宝，以他为帐内骠骑。在与宇文化及大战中，李密曾为流矢射中，堕马闷绝。当时左右奔散，追兵继至，只有秦叔宝一人捍卫左右，把李密救回营中。后来，李密败于王世充，这个胡人也久闻秦叔宝大名，署为龙骧大将军。与程咬金等人一样，秦琼对这个“卷发豺声，性多诡诈”的西域胡人后人很看不起，阵前告辞，奔投唐军。高祖李渊亲自下命秦叔宝跟从秦王李世民征战，在美良川大战中，助李世民击降尉迟敬德，功居最多。
高祖李渊专门派使臣赏赐叔宝金瓶，慰劳说：“爱卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。”由此而观，雍正给年羹尧写的信还不算太肉麻。唐朝革创之初，太需要叔宝这样的良勇之将了。接着，秦叔宝又从李世民击败世充、窦建德、刘黑闼等人。每次与秦王李世民征伐，只要敌方阵垒中有骁将锐卒在阵前跃马招摇示威，李世民都会派秦叔宝去把对方“处理”掉。秦叔宝一得命，立即跃马提枪，万众之中必刺对方于马下，敌军人马群易，却会潮水般后退，场面煞是壮观。李世民以此“益重之”，叔宝也“以此颇自矜尚”，得意洋洋。（史书及此，似有贬意，不知何因）。玄武门之变，从李世民诛太子建成和齐王元吉。
太宗即位，拜左武卫大将军。此后，秦叔宝就一直患病在家，他常对人说：“我自少所经二百多战阵，屡中重创。大概前后受伤流出的鲜血有数斛之多，又怎么不生病呢。”贞观十二年，卒，赠徐州都督，陪葬昭陵。太宗特令在他坟莹内立石人马，以旌其战阵之功。贞观十三年，改封胡国公。