北府军，又名北府兵，是中国东晋时谢玄所创立的一支军队，一开始军权几乎只属于陈郡谢氏家族，后数度易主，并成为东晋中后期及刘宋前期的军队主力。
肇建之初
东晋孝武帝太元二年（377年），由于前秦已一统北部中国，东晋王朝受到空前的军事压力，因此诏求良将镇御北方。当时的权臣谢安遂任命其侄子谢玄应举。朝廷任命谢玄为建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事，镇广陵。 其时广陵和京口聚居着大量逃避北方战乱而来的流民，谢玄到任后，在这些人中选拔骁勇士卒如刘牢之等，建立了一支军队，太元四年（379年），谢玄改镇京口，因为当时京口又名北府，故而其军得名北府兵。
淝水大胜
太元八年（383年），北府军在淝水之战中一举击败前秦大军，乘势追击，刘牢之更一度追到河北的邺城，北府军从此一战，史上留名。
王恭起兵
太元十二年（387年），晋孝武帝与丞相司马道子着手加强皇权，以河北战事不利（滕恬之败于翟斌、张愿叛降慕容垂）为由解除了谢玄对北府军的领导权，宗室司马恬、外戚王恭先后代之。晋安帝隆安元年（397年），王恭因不满朝政而率北府军起兵反晋，次年刘牢之倒戈背叛王恭，代之为北府军领袖。
镇压反乱
此后，北府军致力于镇压孙恩、卢循的天师道起义军。又于晋安帝元兴元年（402年），征讨在荆州反叛的桓玄，但刘牢之随即投降桓玄，桓玄称帝后削减刘牢之兵权，刘牢之意图起兵对抗桓玄，然由于其一再背叛主君而早已丧失人心。刘牢之在众叛亲离下绝望自杀，北府军陷于瘫痪。
再次建军
元兴三年（404年），原北府军参军刘裕在京口重建北府军，联合刘毅、何无忌、诸葛长民等不属于北府系统的军事人物起兵反抗桓玄，击灭桓氏家族。此后，北府军成为刘裕的军事支柱。420年，刘裕称帝，建立宋，原北府军则重组为新皇朝的军队主力。