王恭叛乱是东晋时期的一段历史事件，分别于隆安元年（397年）及隆安二年（398年）发生，皆由当时的青、兖二州刺史王恭主动发起。王恭于第二次叛乱时被擒且被处死，不过至死仍坚持他起兵叛乱是出于他对朝廷的忠心。
第一次叛乱
晋孝武帝在位期间，因为孝武帝沉溺于饮酒，朝政落于会稽王司马道子之手，然而司马道子信任奸佞之徒，尤其王国宝卑下的奉承司马道子，很得司马道子宠信。孝武帝自以司马道子并非治国之才，又以王国宝与其宠信的王珣等不睦，于是先后任用了王恭为青兖二州刺史、郗恢为雍州刺史、殷仲堪为荆州刺史，用以藩镇之力量拱卫王室，并支援在朝内的王珣等人。
太元二十一年（396年），孝武帝被张贵人所杀，因为突然暴死，故未及写下遗诏命王珣、王雅等人为顾命大臣。司马道子执掌朝政，宠信王国宝及王绪，更将重要权力授予他。王恭对此十分不满，多次严肃的正言其非，令司马道子十分忌惮并忿恨他。不久王恭入赴山陵，王绪就曾劝王国宝伺机伏兵击杀王恭，却遭王国宝拒绝；而亦有人劝王恭率兵诛除王国宝，但王恭在王珣劝说以及手握强兵的豫州刺史庾楷支持王国宝之下没有实行。期间司马道子将心腹放在王恭身边，以图和解，但王恭每论及时政都声色俱厉，及至临行回京口时亦严辞厉色的要司马道子远离奸，亲掌万机，更令王国宝畏惧。
经过
隆安元年（397年），王国宝被司马道子升为尚书左仆射，更将东宫兵皆交给王国宝统领。而王国宝厌恶王恭和殷仲堪，于是劝司马道子削其兵权。此举却令全国扰动不安，而王恭当时更整兵上表北伐，被司马道子所阻。王恭亦于此时决心起兵诛除王国宝，于是派使者联结荆州刺史殷仲堪。而当时桓玄知王恭不满朝政，而他亦图借殷仲堪之力量建功立业，于是力劝殷仲堪推王恭为盟主，起兵讨伐王国宝。殷仲堪当时谋结郗恢及任南蛮校尉的堂兄殷融，但二人皆不同意，于是殷仲堪犹豫不决，但王恭使者的到来令殷仲堪决定响应王恭。王恭知殷仲堪支持自己后大喜，于当年四月甲戌日（5月19日）正式上奏王国宝罪状，起兵讨伐。当时王恭亦引北府军将领刘牢之为司马。
次日，建康收到王恭的上表，内外戒严，王国宝十分惶恐，不知可作什么。而王绪则劝王国宝假传司马道子命令召王珣和车胤到来并诛杀，以除时望，并挟晋安帝和司马道子出兵讨伐王恭和殷仲堪。不过，王国宝召来二人后却向二人问计，王珣于是以王国宝与王恭本无私怨，如此仅是权势利益的问题的结果，要王国宝解兵投降；而车胤亦称若王国宝派军对抗王恭，王恭坚守京口而殷仲堪东下，二人夹击，王国宝将难以对抗。王国宝听后更恐惧，于是上请解职并赴朝堂待罪。但王国宝很快就后悔，又假称诏命官复原职。而在此时，司马道子为求平息乱事，于是将罪责都推诿给王国宝，并遣谯王司马尚之收捕王国宝，于甲申日（5月29日）赐死王国宝并处决王绪，又遣使向王恭致歉。王恭于是罢兵回镇京口。
而在荆州的殷仲堪却以荆州道远、形势不接而一直没有任何行动，直至得悉王国宝死后才开始军事行动，但司马道子写信阻止后，殷仲堪也就罢军了。第一次叛乱至此完结。
第二次叛乱
王恭第一次举兵逼得司马道子牺牲王国宝以了事，亦令司马道子对王恭和殷仲堪的势力十分忌惮，于是引用了有才略的司马尚之和司马休之兄弟为心腹。而司马尚之劝司马道子多树藩镇以对抗王、殷势力，司马道子于是在隆安二年（398年）以其司马王愉为江州刺史。当时司马道子将原本由庾楷都督的豫州四郡划了给王愉都督，令庾楷十分不满，于是上表称豫州与北方外族政权接壤，不宜分由二人都督。但司马道子拒绝收回命令，由是令庾楷愤怒。
经过
愤怒的庾楷派了儿子庾鸿劝王恭起兵讨伐司马尚之兄弟，以防他们假借朝权削弱藩镇的图谋得逞。王恭同意，于是通告殷仲堪和新任广州刺史的桓玄，二人亦推桓玄为盟主，刻期同取建康。司马道子得悉庾楷与王恭共谋起兵，试图劝服对方，但庾楷坚持，更指当日司马道子因不能抵抗王恭而牺牲王国宝以求了事，令他不敢为其尽心效命。朝廷知庾楷不能被劝服，于是内相忧惧，内外戒严。
当时殷仲堪以斜绢写书并藏于箭干之中，借庾楷手交给王恭以避过江津要地巡逻兵卒的检查。不过王恭收到时因绢布歪斜而令字迹难以辨认由谁所写，王恭自疑是庾楷假造的，更以第一次叛乱时殷仲堪没有行动，于是首先行动，于七月上表讨伐王愉和司马尚之兄弟，又派何澹之和孙无终率兵至句容。不过殷仲堪其实见王恭第一次叛乱后声望大增，认为王恭必胜；而且自己在当时也没有什么行动，于是积极参与，先遣杨佺期率五千水军与桓玄作前锋，自己则领二万兵在后，一直沿江东下。
桓玄与杨佺期一直东下，至八月到达湓口，新到州的王愉因没作准备而出逃临川但被桓玄偏师所俘。九月辛卯日（9月28日），朝廷加司马道子黄钺，以会稽世子司马元显为征讨都督，以王珣、谢琰讨王恭、司马尚之讨庾楷。至己亥日（10月6日），庾楷于牛渚大败给司马尚之，被逼投奔桓玄。但至乙巳日（10月12日），桓玄在白石大败朝廷军队，并与杨佺期进兵横江，司马尚之退走而司马恢之的水军全军覆没。朝廷军于是分守石头城和建康附近以作防备。
而王恭当时亦因逼司马道子诛王国宝的事而感到十分威风，亦因他自负其才能和门阀地位，对倚靠作爪牙的刘牢之待遇不厚，仅当他是普通将领看待。不过刘牢之对此其实十分愤恨，司马元显于是派了同为北府军将领出身的高素去游说刘牢之，并许事成后以他接任王恭的本职，刘牢之于是答应。当时王恭从何澹之口中得知刘牢之意图叛变，但王恭以他们二人之间有私怨而不信，但及后就与他结为兄弟，并将手下精兵交给他，命其为前锋进攻建康。然而，刘牢之至竹里就叛降朝廷，派刘敬宣和高雅之倒戈攻伐王恭。王恭兵败逃亡，不久被捕并被处死。
王恭死后，杨佺期等没有离去，反已进兵石头城，司马元显命丹杨尹王恺至石头城抵抗。不过此时刘牢之率兵入赴建康，吓得杨佺期和桓玄退还蔡洲。虽然二人后撤但仍接近建康，而殷仲堪大军亦在芜湖，因朝廷对荆州军队的虚实并不清楚，故此内部十分忧虑。而左卫将军桓修当时就向司马道子建议利诱桓玄和杨佺期二人，令其倒戈背叛殷仲堪。司马道子听从并以桓、杨二人分别任江州和雍州刺史，而由桓修代殷仲堪为荆州刺史，贬殷仲堪为广州刺史。殷仲堪知道后大怒，下令桓玄等进攻，只是桓玄心中却想接受，犹豫未决；而殷仲堪亦听闻杨佺期也想接受朝命，于是因畏惧而后撤。桓玄等亦狼狈西退，至寻阳与殷仲堪相遇，并结成联盟，以桓玄为盟主，皆不受朝命，并为王恭申冤和求诛刘牢之及司马尚之。朝廷对此十分忌惮，唯有罢去桓修官职并让殷仲堪复职，更下诏慰问，寻求和解。最终杨佺期、桓玄和殷仲堪皆接受朝命，各还所镇。第二次叛乱平息。