该书卷一是皇帝的玺书和黄 河图说，反映了当时治河的历史背景，黄、淮、运三河的总形势和工程总体布罝；卷二 《河议辩惑》,集中阐述了潘季驯“以河治河， 以水治沙”的治河主张；卷三 《河防险要》， 全面指出了黄河、淮河、运河的要害部位、主要问题及应采取的措施；卷四 《修守事宜》,系统规定了堤、闸、坝等工程的修筑技术和堤防岁修、防守的严格制度；卷五《河源河决考》是前人研究黄河源头和历史上黄河决口资料的收集和整理，是研究河道演变的重要资料；卷六收集了一些宋、元、明代有关治河的议论；卷七至卷十二是从潘季驯 200多道治河奏疏中挑选出来的精粹41道，是他4次主持治河过程中解决一些重大问题的原始记录，概括了他治河的基本过程和主要经验，又是《河议辩惑》中所提出的各种观点的详细注释；卷十三、卷十四是潘季驯为阐明自己的观点、批驳反对派的息见而引证的古人以及同时代人的著述、奏疏、明记、 碑文等。